Web-tools for the genomic analysis of the 2022 Monkeypox virus global outbreak / Herramientas web para el análisis genómico del virus de la viruela símica durante el brote mundial de 2022

Abstract The resources and platforms available on the internet for collecting and sharing information and performing genomic sequence analysis have made it possible to follow closely the evolution the evolution of SARS-CoV-2. However, the current monkeypox outbreak in the world brings us back to the need to use these resources to appraise the extent of this outbreak. The objective of this work was an analysis of the information presented so far in the genomic database GISAID EpiPox™, using various tools available on the web. The results indicate that the monkeypox outbreak is referred as MPXV clade II B.1 lineage and sub-lineages, isolated from male patients mainly from the European and American continents. In the current scenario, the access to genomic sequences, epidemiological information, and tools available to the scientific community is of great importance for global public health in order to follow the evolution of pathogens.

Resumen Los recursos y plataformas disponibles en Internet para recopilar, compartir información y realizar análisis de secuencias genómicas han permitido seguir de cerca la evolución del SARS-CoV-2. El actual brote global de viruela del mono en el mundo, requiere de nuevo utilizar estos recursos para conocer el alcance de este brote. El objetivo de este trabajo fue un análisis de la información presentada hasta el momento en la base de datos genómica EpiPox™ de GISAID, utilizando diversas herramientas disponibles en la web. Los resultados indican que el brote de la viruela del mono o símica está referido al linaje y sub-linajes B.1 del clado II de MPXV, aislado principalmente de pacientes hombres de Europa y América. En el escenario actual, el acceso a las secuencias genómicas, la información epidemiológica, y las herramientas disponibles para la comunidad científica son de gran importancia para la salud pública mundial con el fin de seguir la evolución de los patógenos.

Sub-lineages of the Omicron variant of SARS-CoV-2: characteristic mutations and their relation to epidemiological behavior / Sub-linajes de la variante Ómicron del SARS-CoV-2: mutaciones características y su relación con el comportamiento epidemiológico

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of SARS-CoV-2, the coronavirus responsible for COVID-19, emerges, causing immediate concern, due to the explosive increase in cases in South Africa and a large number of mutations. This study describes the characteristic mutations of the Omicron variant in the Spike protein, and the behavior of the successive epidemic waves associated to the sub-lineages throughout the world. The mutations in the Spike protein described are related to the virus ability to evade the protection elicited by current vaccines, as well as with possible reduced susceptibility to host proteases for priming of the fusion process, and how this might be related to changes in tropism, a replication enhanced in nasal epithelial cells, and reduced in pulmonary tissue; traits probably associated with the apparent reduced severity of Omicron compared to other variants.

Resumen A finales de 2021 surge la variante Omicron del SARS-CoV-2, el coronavirus responsable de la COVID-19, causando preocupación inmediata, debido al aumento explosivo de casos en Suráfrica, y a su gran cantidad de mutaciones. Este estudio describe las mutaciones características de la variante Ómicron en la proteína de la Espiga (S) y el comportamiento de las sucesivas olas epidémicas asociadas a la circulación de sus sub-linajes en todo el mundo. Las mutaciones en la proteína S descritas están relacionadas con su capacidad para evadir la protección provocada por las vacunas actuales, así como su posible susceptibilidad reducida a las proteasas del hospedero para la preparación del proceso de fusión. Se infiere cómo esto podría estar relacionado con su cambio en el tropismo, con una replicación mayor en las células epiteliales nasales y menor en el tejido pulmonar, rasgos probablemente asociados a su aparente menor gravedad en comparación con otras variantes.

Detection of the Omicron variant of SARSCoV-2 by restriction analysis targeting the mutations K417N and N440K of the spike protein / Detección de la Variante Ómicron del SARS-CoV-2 por análisis de restricción de dos mutaciones de la proteína de la espiga

Abstract By the end of 2021, the Omicron variant of concern (VOC) emerges in South Africa. This variant caused immediate concern, due to the explosive increase in cases associated with it and the large number of mutations it exhibits. In this study, the restriction sites that allow detecting the mutations K417N and N440K in the Spike gene are described. This analysis allows us to propose a rapid method for the identification of cases infected with the Omicron variant. We show that the proposed methodology can contribute to provide more information on the prevalence and rapid detection of cases of this new VOC.

Resumen Para finales de 2021 surge la variante de preocupación (VOC por sus siglas en inglés) Ómicron en Sudáfrica. Esta variante causó de forma inmediata preocupación, debido al aumento explosivo de casos asociados a ella y al gran número de mutaciones que exhibe. En este estudio, se describen los sitios de restricción que permiten detectar dos de estas mutaciones en el gen de la espiga, las mutaciones K417N y N440K. Este análisis permite proponer un método rápido para la identificación de casos infectados con la variante Ómicron. Mostramos que la metodología propuesta puede contribuir a proporcionar más información sobre la prevalencia y a detectar rápidamente los casos de esta nueva VOC.

Diversidad genética del virus de inmunodeficiencia humana en las américas, con énfasis en la epidemia venezolana / Genetic diversity of human immunodeficiency virus in the americas, with emphasis on the venezuelan epidemics / Diversidade genética do vírus da imuodeficiência humana nas américas, com enfase na epidemia venezuelana

Alrededor de 3 millones de personas están infectadas con el virus de inmunodeficiencia humana (VIH) en las Américas y unas 110000 en Venezuela, donde la distribución de subtipos es bastante homogénea, representada principalmente por el subtipo B y una escasa representación de subtipos no B y/o formas recombinantes. El predominio del subtipo B en las Américas quizá se deba al efecto fundador de esta variante viral en los años 1960-1970, siendo Haití uno de los países donde pudo haberse iniciado la epidemia para luego diseminarse hacia otros países. El incremento en la frecuencia de subtipos no B en las Américas ha sido asociado a varios comportamientos de riesgo: el uso de drogas endovenosas, el comercio sexual y movilizaciones sanitarias o militares. En países como Cuba, Brasil y en países del Cono Sur la presencia de subtipos no B y de formas recombinantes es mayor que en el resto de la región. Esta situación pudiera ser el espejo de lo que encontremos en todo el continente americano en décadas futuras.

Around 3 million people are thought to be infected with human immunodeficiency virus (HIV) in the Americas, and around 110000 in Venezuela, where HIV subtype distribution is quite homogenous, with mainly subtype B and few cases of non B subtypes or recombinant forms. The high frequency of subtype B in the Americas is probably due to a founder effect of this viral variant around 1960-1970. The epidemic might have started in Haiti and then was disseminated to other countries. The increase in frequency of non B subtypes in the Americas has been associated to several risk factors: intravenous drug abuse, commercial sex and sanitary and military movilizations. In countries like Cuba, Brasil and countries from the Southern Cone, the presence of non B subtype and recombinant forms is more frequent than in the rest of the region. This situation might mirror what we will find in all the Americas in the next decades.

É estimado em mais de 3 milhões de pessoas infectadas com o vírus da imunodeficiência humana tipo 1 (HIV-1) nas Américas e cerca de 110000 na Venezuela, onde a distribuição dos subtipos é bastante homogênea, representada principalmente pelo subtipo B e uma baixa representação de subtipos não-B e / ou formas recombinates. O predomínio do subtipo B nas Américas pode ser devido ao efeito fundador desta variante viral nos anos 1960-1970, sendo o Haiti um dos países onde a epidemia pode ter começado, disseminando-se para outros países. O aumento na freqüência de subtipos não-B nas Américas tem sido associada a vários comportamentos de risco: uso de drogas endovenosas, comércio sexual e sanitário e mobilizações militares. Em países como Cuba, Brasil e países do Cone Sul, a presença de subtipos não B e formas recombinates é maior do que nas demais regiões. Esta situação poderá ser o espelho do que encontraremos em todo o continente americano nas futuras décadas.